Город ведет свою историю с Усть-Кутского острога – небольшой, но хорошо вооруженной крепости, построенной казаками из отряда, возглавляемого атаманом Иваном Галкиным. Острог, стоящий у слияния двух рек, был важным перевалочным пунктом для экспедиций, отправлявшихся на освоение Сибири и Дальнего Востока, а главной его задачей был сбор торговых пошлин, ясака, других податей.
Постепенно острог оброс деревнями, к 1640 году образовавшими Усть-Кутскую волость, и солеваренными производствами (одно из них открыл легендарный землепроходец Ерофей Хабаров). Поселение было известно и как место проведения крупных ярмарок, на которых в основном торговали солью и пушниной.
Во второй половине XVII века в населенном пункте почти ничего не напоминало о том, что он когда-то был острогом: его жители занимались крестьянским трудом, еще одним крупным сословием были судовые плотники, мастерившие дощаники и баржи для сообщения с Якутском по Лене.